Pese a su gran poder, el 1 de septiembre de 1996 el capo del narcotráfico se entregó a la justicia colombiana después de pasar prófugo por 16 meses y fue trasladado a la cárcel de máxima seguridad de Palmira.
Luego de dos años en prisión, la vida de “Pacho” Herrera llegó a su fin cuando, en pleno partido de futbol del pabellón de máxima seguridad de la cárcel, área en donde estaba ubicado el ex jefe del Cártel de Cali, una persona interrumpió el encuentro y le propinó siete disparos.
De acuerdo con los testigos del asesinato, el sicario ingresó a la cárcel de Palmita como un visitante más y pasó el detector de metales y los puestos de control de la penitenciaría sin ningún problema.
Al llegar al campo donde “Pacho” Herrera estaba disputando un partido de futbol, el sujeto lo saludó a la distancia, llegó a darle un abrazo, lo tomó por el cuello y le disparó en siete ocasiones.
Ante este inesperado ataque, los guardias de seguridad, compañeros de equipo y jugadores rivales agredieron al sicario e intentaron auxiliar a “Pacho” Herrera; sin embargo, el narcotraficante murió a los pocos minutos de ingresar al Hospital San Vicente de Paul tras ser trasladado desde prisión.
El líder del Cártel de Cali falleció a los 48 años a raíz de contusiones en el brazo derecho, un trauma en el tórax, varias lesiones en el rostro y una herida de tres centímetros en el lado derecho de su cráneo.
Luego del asesinato del capo del narcotráfico, el sicario fue identificado como Rafael Ángel Uribe Serna, quien en un interrogatorio con las autoridades colombianas confesó que mató a “Pacho” Herrera debido a que él lo amenazó con hacer lo mismo con su familia si no asesinaba al empresario Víctor Carranza, y no pudo cumplir con esta misión.
No obstante, días después las autoridades desmintieron esta versión al determinar que el sicario fue enviado por el Cártel del Norte del Valle, organización rival del Cártel de Cali, como venganza por un atentado hacia su jefe en 1996, el cual fue ordenado por “Pacho” Herrera.