Los equipos de rescate buscan a varios desaparecidos en este suceso, en el que también resultaron heridas otras cinco niñas.
El fuego se declaró hacia las once de la noche en uno de los dormitorios situados en un edificio de dos plantas.
Imágenes publicadas en el portal de Facebook de la Policía muestran a los bomberos entrando al edificio por la ventana de la segunda planta con la ayuda escaleras y evacuando a algunas de las niñas heridas.
La escuela acoge a alumnas de entre 5 y 9 años de varias comunidades indígenas que habitan en esta zona montañosa del norte del país, según indicó la prensa local.
Las minorías indígenas son uno de los colectivos más empobrecidos del país y con más dificultades de acceso a servicios públicos como educación y salud.