La fiscalía dijo que eran miembros del grupo yihadista Ansar Beit al Maqdess, basado en el Sinaí, y que el año pasado juró lealtad al grupo yihadista Estado Islámico.
Los acusados fueron ahorcados en una cárcel de El Cairo, informaron los oficiales.
Algunos de los hombres habían sido arrestados cuando la Policía y los soldados irrumpieron en su refugio del norte de El Cairo en marzo del 2014.
Dos expertos en explosivos del ejército y seis militantes murieron en el tiroteo que siguió a la operación, unos cargos que se añadieron a los que ya pesaban contra los seis hombres.
Grupos de defensa de derechos humanos pidieron un aplazamiento de la ejecución.
La oenegé Amnistía Internacional denunció que los acusados habían sido procesados en un juicio “manifiestamente injusto” y que el único testigo presente durante el juicio había sido un policía secreto.