Los agentes habían informado por radio que estaban realizando controles de tránsito el jueves en la noche y poco después llamaron para pedir ayuda, dijo la jefa.
Los policías que acudieron al lugar encontraron a los dos policías heridos de bala. Uno de ellos falleció luego en el hospital, indicó Zimmerman.
El otro agente herido salió del quirófano el viernes temprano y se espera que sobreviva, dijo el Departamento de Policía en un tuit.
La balacera tuvo lugar hacia las 23.00 locales (06.00 GMT) en el vecindario de Southcrest, en el sureste de la ciudad, informó el diario San Diego Union Tribune.
Es demasiado pronto para saber si los agentes fueron emboscados, dijo Zimmerman.
Estados Unidos ha vivido semanas de tensión tras ataques a tiros a policías en Dallas (Texas) y Baton Rouge (Luisiana).
Estos ataques siguieron a una ola de indignación entre la comunidad negra luego de la muerte a tiros de sospechosos negros a manos de policías blancos en Minnesota y Luisiana.