Los nativos del lugar fueron en un inicio aliados de los conquistadores españoles, pero se rebelaron a raíz de malos tratos y tributos impuestos.
Los sublevados se fortificaron en Iximché y luego en Ruy’al Cot (río de comales), los mexicanos que habían arribado con los conquistadores llamaron a dicho poblado Comalapa. En 1529 la aldea fue trasladada y encomendada a Juan Pérez Aragón.
En el año 1770 el obispo de Guatemala Pedro Cortés y Larraz, reportó que Comalapa estaba habitado por setecientas familias, en su mayoría indígenas. En 1839 pasó a formar parte del departamento de Chimaltenango.
Como dato interesante, el municipio fue formado en 1870 pero fue disuelto en 1886 por diversas razones y restituido en 1895.
San Juan Comalapa se encuentra ubicado en un pequeño valle rodeado de colinas cubiertas con bosques de diferentes tipos. Abarca un área de 76 kilómetros cuadrados. Los terrenos planos son utilizados para los cultivos agrícolas de diversa índole.
Personajes
Son originarios de este municipio artistas reconocidos, como es el caso del maestro Rafael Álvarez Ovalle, compositor de la música del Himno Nacional de Guatemala. También destaca el conocido pintor Andrés Curruchich.
