Un episodio que protagonizó durante el gobierno de Serrano fue el viaje que realizara a España del 23 al 26 de julio de 1993 con motivo de la II Cumbre Iberoamericana y la inauguración de los XX Juegos Olímpicos. En la comitiva numerosa que llevaba el presidente se encontraba Baldetti quien cobró Q100 mil quetzales en concepto de pasajes y viáticos.
El 1 de julio de 1993 trascendía dentro de las páginas de Prensa Libre la prueba del excesivo costo que representó para el erario nacional el viaje de Baldetti a Madrid. Una fotocopia de la factura por la compra de los boletos llegó a la Redacción como prueba.
La comitiva en la que se encontraba Baldetti viajó en forma separada hacia Madrid y posteriormente se reunieron en Sevilla. El otro boleto estaba a nombre de Miguel Robledo, asesor de Serrano, quien no realizó el viaje. Los gastos de ambos fueron cobrados por ella a pesar de la ausencia de Robledo. Baldetti negó en una carta los señalamientos al indicar que los viáticos tenían un límite para cada empleado y que constamente eran fiscalizados por una auditoría interna y externa para evitar desfalcos. Por este caso no hubo ningún proceso ni sanción.
En la nota periodística se añadían también otros señalamientos que empleados de la Secretaría de Comunicación hacían en contra de Baldetti. Una de esas arbitrariedades indicaban que Baldetti envió a su secretaria Consuelo Ruiz en lugar de un periodista a una reunión de mandatarios realizada en Nicaragua y de nombrar como jefe de personal de la secretaría a la señora Aída de Castillo quien no podía legalmente ocupar el cargo al ser trabajadora jubilada por el IGSS. La falta de fondos en la dependencia era también una denuncia de los trabajadores para poder desempeñar sus labores y señalaban la mala administración del presupuesto por parte de Baldetti.
Artífice de censura
Durante la crisis del “Serranazo”, Baldetti fue la encargada junto con Serrano de censurar a la prensa, al enviar censores a los diferentes medios de comunicación para verificar la información que se publicaría durante el periodo de las medidas especiales de gobierno. Prensa Libre fue una de las afectadas al no circular el 26 de mayo de 1993.
Luego de la huída de Serrano se dictó orden de arraigo en contra de Baldetti en el proceso que se inició en el Juzgado Primero de Instancia Penal de Instrucción en contra de las personas que colaboraron en la censura a la prensa durante el rompimiento del orden constitucional. El Procurador de los Derechos Humanos, Jorge Mario García Laguardia resolvió responsabilizar a Serrano; Gustavo Espina, vicepresidente; Francisco Perdomo, ministro de Gobernación; Arturo Alvarado Pérez y a Roxana Baldetti de cometer una flagrante violación a la libre emisión del pensamiento. La postura de la PDH fue únicamente moral ya que no podían actuar penalmente por este delito. A pesar de las denuncias tampoco se castigó a nadie en este proceso.
Asesora del FRG y diputada
Tras unos años fuera de la vida pública, Baldetti volvió a participar en política aunque en forma discreta durante el proceso electoral de 1999, con el partido Frente Republicano Guatemalteco (FRG) quien ganó las elecciones y gobernó el país de 2000 a 2004, Baldetti fue la publicista del partido. Al gobernar el FRG, Baldetti se desligó del FRG y se unió a la Gran Alianza Nacional (Gana) para participar en las elecciones como diputada al Congreso de la República por el listado nacional, resultando electa para el periodo 2004-2008.
En las elecciones del 2007 resultó nuevamente electa como diputada al Legislativo por el Partido Patriota (PP), de la cual llegó a ser Jefa de Bloque y realizó una férrea oposición al gobierno de Álvaro Colom. Abanderada del PP resultó electa como Vicepresidenta de Guatemala en 2011, cargo que desempeñó desde el 14 de enero de 2012 hasta el 9 de mayo de 2015, fecha en la que renunció ante la presión social y política por su presunta implicación en la red de defraudación aduanera denominada “la Línea” y por la cual se encuentra arrestada y procesada actualmente.