Primero se dirigieron a Tipú, pueblo colonizado, situado al noreste del lago Petén Itzá. Desde allí enviaron mensajeros a Tayasal y los itzaes les autorizaron penetrar en su territorio. Cuando empezaron a predicar, los indígenas les dijeron que, según sus profecías, no había llegado aún el tiempo de convertirse.
Pidieron a los misioneros que se fueran, no sin antes darles permiso para pasear por el poblado e incluso para ver los ídolos.
En el templo principal encontraron una gran estatua de cal con figura de caballo: era el dios Tzimín Chac (tzimín significa caballo y Chac era el dios de la tormenta y el rayo). Se sabe que Cortés, en 1525, había abandonado en la isla un caballo herido, y que los españoles, montados y disparando, habían causado una gran impresión. Por ello fue que los indios decidieran divinizar al caballo.
El sacerdote Orbita cogió una gran piedra con la cual golpeó y rompió la estatua, y por poco son ejecutados. Días después, de nuevo intentaron persuadir a Canek de que se hiciera cristiano, pero este les repitió que, según el calendario y las predicciones de los antiguos sacerdotes propios, el tiempo de convertirse aún no había llegado.
Los dos misioneros españoles regresaron a Tipú, pero apenas se habían apartado de la orilla del lago cuando algunos itzaes les tiraron piedras. La conquista definitiva de Tayasal no se produciría sino hasta 1697, cuando fue totalmente arrasada.
El 13 de marzo de 1697, Martín de Urzúa, gobernador de Yucatán, ordena el ataque a la ciudad itzá de Tayasal —hoy, Ciudad Flores, Petén—. El cacique Canek había ofrecido rendirse en paz, pero al parecer otros líderes se rehusaron a someterse a los españoles.
Eran 150 soldados, que navegaron el lago en canoas, con sus arcabuces, para asustar a los indígenas. Canek huyó durante el ataque, pero sería capturado y devuelto a Tayasal.
Lo primero que hicieron los conquistadores fue destruir los templos, con cuyas piedras erigieron una pequeña iglesia. Canek, Kin Canek y otros caciques itzaes reconocieron públicamente la soberanía de Carlos II, Rey de España, representado por Urzúa. Después fueron bautizados. Los españoles dieron al pueblo el nombre de Nuestra Señora de los Remedios.
En 1699 hubo epidemias y la mayor parte de los españoles regresaron a Guatemala. Los itzaes fueron reasentados en pueblos alrededor del lago, pero en 1704 se sublevaron y huyeron a la selva.
En 1831 se le asignó el nombre de Ciudad Flores, en honor al ex vicejefe de Estado don Cirilo Flores, quien murió trágicamente en Quetzaltenango.
La isla aún conserva en sus calles empedradas restos de la arquitectura vernácula, casas de bajareque o calicanto, puertas de arco de medio punto, decoradas con motivos que semejan conchas pintadas de vivos colores y techos de lámina pintados de color rojo.
