Fonapaz sería un fideicomiso adscrito a la Presidencia de la República y auditado permanentemente por la Contraloría General de Cuentas, la Superintendencia de Bancos y auditorías externas privadas.
Sin embargo, durante la administración de Alfonso Portillo liberó sus funciones al destinarle la construcción de viviendas, carreteras, canchas deportivas, escuelas, hospitales, drenajes y “otras que le asigne el Presidente de la República”, según el Acuerdo 91-2000.
Señalamientos
A lo largo de su historia la entidad ha sido señalada de corrupción y de ser utilizada como botín político y de desfalco.
Durante el gobierno del Partido de Avanzada Nacional (1996-2000), Fonapaz fue foco de escándalo por el pago de Q34 millones a una ONG encargada de remodelar el Campo de Marte y cuyo trabajo fue deficiente.
En la gestión del FRG, varios de los miembros de ese partido fueron investigados por haberse beneficiado con viviendas pagadas y adjudicadas por Fonapaz.
Durante la administración de Óscar Berger se denunció la supuesta malversación de Q26 millones y se señaló al director de ese entonces, Édgar Ajcip, quien llegó a ser diputado posteriormente.
En el gobierno de Álvaro Colom se otorgaron Q125 millones a una ONG para la construcción de puentes bailey. Hubo denuncias de sobrevaloración por casi Q35 millones. Colom fue director de Fonapaz entre 1991 y 1997.
En el primer año del Partido Patriota hubo señalamientos de sobrevaloración de distintas compras y de haber beneficiado a empresas propiedad de personas afines al oficialismo y allegados.
Liquidación
El 7 de enero de 2013 el entonces presidente Otto Pérez Molina anunció la integración de una comisión liquidadora para cerrar Fonapaz ante la corrupción existente en dicho fideicomiso.
Los proyectos pendientes de ejecución serían trasladados al Ministerio de Desarrollo Social (Mides) por medio de otro fideicomiso.
Sin embargo, procesos legales han entrampado el cierre del criticado fondo. En agosto de 2013 se dio a conocer que Fonapaz atrasaría un año su cierre por los 149 procesos judiciales, entre los que se encuentran penales, civiles, administrativos y laborales.
En 2015, el presidente Alejandro Maldonado Aguirre trasladó la continuación de la liquidación de Fonapaz al Mides, en medio de la controversia por el elevado número de proyectos pendientes de ejecutar.
