El investigador Gerardo Ramírez Samayoa reveló que el Nazareno fue donado en 1736 por un habitante de la ciudad de Santiago de Guatemala (hoy Antigua), su nombre era Lorenzo de Paz. Es probable que por eso se haya relacionado a la escultura con Alonzo de la Paz, pero, ya que la imagen aparece en los inventarios hasta 1740 y 1751, es más seguro que el Nazareno que se venera en el templo de San José fuera tallado por Juan de Chávez, Juan José Mérida o Carlos Bolaños.
Su apelativo de Los Milagros se debe a que fue donado por De Paz a la ermita de la Cruz del Milagro, erigida porque, en 1683, tembló la cruz milagrosamente. La ermita fue remozada en 1731, posiblemente después de su ampliación De Paz quiso hermosearla con el Nazareno.
Con la destrucción de la ciudad de Santiago de los Caballeros el 29 de julio de 1773 la ermita de la Cruz del Milagro fue afectada y tras la disposición de las autoridades de trasladadar la ciudad al Valle de la Ermita. El nazareno partió en el año de 1780 y colocado en el Beaterio de Indias y luego en el de Santa Rosa.
En 1826 se le ubica en el templo del Cerrito del Carmen hasta en 1859 ya se encuentra en su actual templo dedicado al Patriarca San José.
Después del traslado de la antigua ciudad capital al Valle de la Ermita o de la Virgen, el templo de San José fue construido en la parte noreste de la traza urbana, y dio nombre a uno de los barrios más tradicionales de la naciente urbe.
A petición del gremio de carpinteros se solicita edificar una iglesia dedicada a San José, la cual fue aprobada por las autoridades en 1778. La construcción, de pequeñas dimensiones en comparación con otros templos, se bendijo el 25 de noviembre de 1783.
Muchos edificios de la ciudad sucumbieron debido a los terremotos de 1917-1918, por lo que se hizo necesaria, por lo que se hizo necesaria su reedificación; entre ellos estuvo este templo. Pero la nueva estructura fue dañada nuevamente por el terremoto de 1976. Como consecuencia de los destrozos fue necesaria su total demolición.
El 4 de junio de 1978 se colocó la primera piedra del actual templo y bendecida la nave central en 1982, dando veneración especial a Jesús de los Milagros y a la Virgen María de los Dolores ubicados en las naves laterales.
Durante un breve periodo, (1925-1935 aproximadamente) por pedido del padre Mariano de la Coronación Granados, la imagen fue modificada para que estuviese de rodillas, en ese mismo tiempo se le nombró como “Rey del Universo”, sin embargo la imagen fue restaurada a su posición original años después.
Por disposición del arzobispo, monseñor Próspero Penados del Bario, en 1994 el templo fue elevado al rango de Santuario Arquidiocesano, en 1997 fue consagrado. El Nazareno fue consagrado el Domingo de Ramos de 1993 en un acto frente a la Catedral Metropolitana.
La imagen ha salido en ocasiones extraordinarias, por ejemplo en noviembre de 1980 con motivo del Bicentenario de su traslado del Valle de Panchoy al Valle de la Ermita, en 1996 visitó la Antigua Guatemala y la corporación municipal de dicha ciudad le nombró “Protector Perpetuo de la Antigua Guatemala”; en 2005 acompañado del Patriarca Señor San José celebrando 225 años de traslación.
Escultura realista
El nazareno es una auténtica expresión de la imaginería barroca colonial. Representa a un hombre cansado, vencido por el peso de la cruz, pero que camina con decisión, serenidad y valentía.
Tiene la boca entreabierta, jadeante, y muestra levemente la dentadura. El cuerpo de lai magen es encarnado, simula piel. Sus facciones, pies y manos son de mucho realismo y denotan verdadero conocimiento anatómico del escultor. Mide 1.80 metros erguido y 1.60 en posición de dar el paso.