Su esposo, Roberto Barreda de León, quien es hijo de la ex magistrada de la Corte Suprema de Justicia Ofelia de León, comunicó a la familia de Cristina su desaparición al día siguiente. El caso de su desaparición no era del conocimiento público hasta el día 24 de julio de 2011 en el que la familia, incluido Barreda, realizó una de varias marchas exigiendo la aparición de Cristina y el fin de la violencia intrafamiliar.
Ante la denuncia de la desaparición en el Ministerio Público, MP, el ente investigador encontró manchas de sangre en la casa de los Siekavizza Barreda por medio de la prueba de luminol, lo que podría comprobar de que Cristina fue atacada en su propia vivienda por su cónyuge.
Sospechosamente días después, Roberto Barreda se distancia de la búsqueda de Cristina y de la familia junto con sus hijos, Roberto José y María Mercedes, en ese entonces de 7 y 4 años, respectivamente, hasta que se conoció que había salido del país el 3 de agosto con con rumbo desconocido.
El siete de agosto de 2011 fue capturada la empleada de la familia, Petrona Say ya que ella se encontraba en la vivienda el día 6 de julio y podría tener información del paradero de Cristina, Barreda y sus hijos. Say se convirtió en colaboradora eficaz al testificar que Cristina tuvo una fuerte pelea con Barreda esa noche y que vio el cuerpo de Cristina sin vida en una de las habitaciones de la casa. Barreda junto con dos cómplices intentó borrar la evidencia del crimen.
Semanas después fueron capturadas y sindicadas tres personas más, se trata de Óscar Humberto Celada Cuevas, investigador contratado por la familia Siekavizza para localizar a Cristina Siekavizza. También está Joaquín Flores, cuñado de Roberto Barreda de León. Javier Mendizábal Ruiz, quien es sindicado supuestamente de haber ayudado a Barreda de León a sacar de la casa el cuerpo de Cristina. Al proceso de adhirió la Fundación Sobrevivientes, presidida por Norma Cruz, quien ha dado acompañamiento y apoyo moral a la familia Siekavizza.
Según las estadísticas del Instituto Nacional de Ciencias Forenses (Inacif) se han efectuado más de 51 análisis genéticos a osamentas de mujeres que han sido exhumadas o encontradas en El Progreso, Quetzaltenango y Villa Canales, terrenos baldíos, cementerios y el río Motagua con resultados negativos.
La lentitud del proceso hizo sospechar que la madre de Barreda, la ex magistrada Ofelia de León, con sus influencias trató de impedir que continuaran las investigaciones y abriendo el camino para que su hijo no fuera localizado ni procesado, esto se fundamenta en la investigación realizada a los movimientos bancarios de la familia Barreda en la que se encontraron indicios de que Roberto Barreda tuvo el apoyo de sus padres mientras se encontraba en otro país con sus hijos.
Ante esta evidencia la ex magistrada de León fue capturada el 20 de octubre de 2011 acusada de obstruir las pesquisas en el proceso de desaparición de Cristina Siekavizza y de amenazar a Olga Petrona Say para que no declarara en contra de Roberto Barreda. El 25 de marzo de 2013 sale bajo fianza pero con arresto domiciliario.
Tras veintisiete meses desaparecido, el 8 de noviembre de 2013, Roberto Barreda fue localizado en Mérida, Yucatán, México, y capturado inmediatamente. En dicho lugar tanto él como sus hijos tenían otra identidad. Un correo anónimo fue la clave para su localización en el país vecino. La aparición de los hijos de Cristina fue un aliento para la familia de ella ya que sumado a la angustia de su desaparición se temía por la vida de los niños. En la actualidad la familia Siekavizza tiene su custodia legal no sin haber pasado un conflicto con la familia Barreda quien también reclamaba la custodia.
El 20 de febrero de 2014 el Ministerio Público presentó la acusación formal contra Roberto Barreda de León por los delitos de femicidio, obstrucción de justicia y maltrato contra personas menores de edad además se solicitó que el proceso fuera trasladado a un juzgado de femicidio ya que las partes involucradas se encontraban fuera de riesgo, lo cual no se consiguió.
Durante las audiencias se tomó la declaración del hijo de Cristina, Roberto José, cuyo relato coincidía con la versión de la doméstica Petrona Say, al mencionar de que hubo violencia por parte de su progenitor, además de los testimonios de los familiares de Cristina Siekavizza.
Tras cuatro años y cinco meses de la desaparición de Cristina, el Juzgado de Mayor Riesgo B presidido por el juez Miguel Ángel Gálvez resolvió ligar a proceso y enjuiciar a Roberto Barreda de León por los delitos de femicidio, amenazas y maltrato contra menores de edad. Junto a Barreda enfrentarán juicio su madre Beatriz Ofelia de León por el delito de amenazas, al haber coaccionado a Petrona Say.
El 2 de marzo de 2017 la Corte de Constitucionalidad (CC) ordena al juez de Mayor Riesgo B emitir una nueva resolución por la audiencia de acusación al resolver una impugnación presentada por Roberto Barreda. La CC ordenó regresar el trámite del caso Siekavizza 15 meses atrás por lo que el juzgado debe emitir una nueva resolución.
Actualmente se desconoce el paradero de Cristina, aunque el consuelo de la familia es el de localizar su cuerpo, ya que sus esperanzas de encontrarla viva se han desvanecido desde que encontraron las manchas de sangre en su vivienda, pero la lucha por justicia continúa.
