Días después, una junta militar conformada por Castillo, Elfego H. Monzón, José Cruz Salazar y Mauricio Dubois entra triunfalmente al país, y toma posesión de las riendas del gobierno. Sin embargo, la junta militar duraría poco tiempo porque en septiembre del mismo año Castillo Armas asumiría la Presidencia del país a través de un plebiscito popular.
Durante el régimen de Castillo Armas, quedaron en suspenso muchas reformas que se habían implementado durante los dos gobiernos anteriores y logros de la Revolución de Octubre; se declaró ilegal el Partido Guatemalteco del Trabajo, se persiguió a funcionarios de Árbenz y a los opositores se les tildó de “comunistas” y fueron perseguidos también.
Las élites recuperaron el poder perdido al igual que la influencia moral de la Iglesia católica, presidida por el arzobispo Mariano Rossell y Arellano.
Cuando el gobierno de Castillo aparentemente estaba bien establecido, se produce su asesinato en medio de la conmoción del país.
Mucho se ha dicho sobre la muerte de Castillo Armas, sobre todo con la versión oficial la cual indicaba que había sido asesinado por un militante comunista que se hizo pasar por soldado, en venganza por la caída de Árbenz en 1954.
El informe indicaba que el crimen se produjo en el interior de la Casa Presidencial mientras Castillo Armas, acompañado de su esposa, Odilia Palomo, se dirigían al comedor. El soldado identificado como Romeo Vásquez Sánchez se acercó a ambos y los saludó al mismo tiempo que disparó dos veces en contra de Castillo.
“¡Mataron al presidente, mataron al presidente!”, dijo Vásquez para confundir a los presentes.
Luego huyó y chocó con una trabajadora de la casa a quien disparó y en su huída acertó un tiro al coronel Miguel Mendoza Azurdia, segundo jefe del Estado Mayor Presidencial. El asesino buscó la terraza pero al verse acorralado y optó por suicidarse de un balazo
En la ciudad había un ambiente de relativa calma aunque los rumores sobre la muerte de Castillo aumentaban y el movimiento que se apreciaba en los alrededores de la sede del poder ejecutivo reforzaban la hipótesis de que algo grave estaba pasando. A las 3 horas del 27 de julio se confirmaba la muerte de Castillo Armas.
De inmediato comenzaron las conjeturas sobre el atentado. El secretario de publicidad de la Presidencia, Roberto Castañeda Felice, dio a conocer el contenido de un diario o cartilla en la cual Vásquez Sánchez detallaba el plan para asesinar a Castillo Armas, además de otros aspectos personales. También presentó una carta supuestamente enviada desde Moscú por la Radio Central de la Unión Soviética.
Los funerales de Castillo Armas se prolongaron por una semana, miles de guatemaltecos, políticos y diplomáticos desfilaron ante el féretro del líder de los liberacionistas.
El primer designado a la Presidencia, Luis Arturo González, tomó posesión del Ejecutivo por medio del decreto 1191 del Congreso Nacional. El nuevo gobierno implantó el estado de Sitio en todo el país, prohibiendo las reuniones de más de cuatro personas, además de cancelarse todos los permisos para portación de armas, entre otras medidas.
Esto es lo único que los ciudadanos de ese entonces supieron sobre la muerte de Castillo Armas. Sin embargo, a través del tiempo han surgido teorías, varias de ellas dan otra perspectiva sobre los motivos verdaderos para eliminar a Castillo Armas de la esfera política.
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Una de ellas indica que Castillo Armas había sido asesinado por terratenientes contrarios a medidas impuestas por el régimen de Castillo en materia de impuestos. Ese día había tenido una reunión con empresarios que había convocado para discutir sobre el papel de la iniciativa privada en su gobierno.
De acuerdo con Otto Wilhelm, la aparición del diario de Vásquez Sánchez había sido una trama construida para desviar la investigación y ocultar la identidad de los verdaderos responsables, ya que no era usual que simples soldados, por lo general analfabetas, llevaran al papel sus pensamientos. Además no se habían presentado otras pruebas más consistentes que demostraran el vínculo del soldado con extremistas de izquierda.
Otra versión señalaba que Castillo Armas comenzaba a oponerse a directrices de la CIA, lo cual podría vincularse con limpiar cualquier testigo de la intervención estadounidense en Guatemala.
Trayectoria golpista
Castillo Armas nació en Santa Lucía Cotzumalguapa, Escuintla, el 4 de noviembre de 1914, e ingresa a la Escuela Politécnica como aspirante a caballero cadete el 22 de enero de 1933, de donde egresa tres años después con los despachos de subteniente en artillería.
Tras laborar como catedrático en la Escuela Politécnica, inicia su primera incursión armada el 5 de noviembre de 1950, cuando en compañía de 70 civiles, sin ningún entrenamiento, intenta ocupar la Base La Aurora. Las fuentes históricas expresan que la acción se convirtió en una verdadera masacre, porque las fuerzas leales al Gobierno rechazaron con éxito la burda asonada.
Al momento en que una brigada de civiles recogía los cadáveres de los muertos en el combate, todos los partidarios de Castillo se percataron de que entre los matorrales había un sujeto aún con vida. Un hombre le presta auxilio y lo lleva al hospital, en donde es identificado como el coronel Carlos Castillo Armas, comandante de la fracasada asonada.
A pesar de la seriedad de las heridas, Castillo Armas recobra la salud, pero el presidente Arévalo Bermejo lo envía a prisión. Con el apoyo de algunos compañeros de celda, todos políticos opuestos al gobierno revolucionario, Castillo logra hacer un túnel por medio del cual escapa y se asila en la Embajada de Colombia.
Tres años después y con el apoyo de la CIA y la United Fruit Company (UFCO), Castillo obtiene irrestricto apoyo del secretario de Estado de los Estados Unidos, John Foster Dulles, quien era accionista al igual que su hermano de la UFCO. En este punto el militar es adiestrado para planificar la invasión a Guatemala.
Tras un amplio bombardeo sobre la ciudad de Guatemala y un enfrentamiento armado en la frontera oriental, obligan al coronel Jacobo Árbenz Guzmán a dimitir de la presidencia de Guatemala el 27 de junio de 1954.