En 1996 el Estado perdió el control de la prisión, pues esta fue tomado por el Comité de Control y Disciplina, conformado por los mismos reclusos. Diez años después, el 25 de septiembre del 2006, el entonces presidente Óscar Berger ordenó un operativo policial y militar para retomar la autoridad.
Ese día, siete reclusos fueron ejecutados y por ello fueron acusadas ocho personas, entre ellas el entonces Ministro de Gobernación, Carlos Vielman (quien espera juicio en España, por ese caso), el Director de la Policía Nacional Civil, Erwin Sperisen (condenado por ese caso en Suiza, en donde tiene nacionalidad), el entonces subdirector de Investigación de la PNC, Javier Figueroa (absuelto por ese caso en Austria) y el exdirector del Sistema Penitenciario, Alejandro Giammattei (absuelto en Guatemala por ese caso) entre otros. La mayoría fueron señalados de asesinato, conspiración y tenencia ilegal de armas de fuego de uso exclusivo del Ejército, entre otros.
Conflictos
El 15 de agosto de 2005, reclusos de esta prisión protagonizaron un motín casi de forma simultánea con prisioneros de las cárceles Canadá y El Boquerón. En total, fueron 31 reos muertos y 80 heridos. En Pavón, fueron ocho muertos.
El 9 de septiembre del 2015, el Sistema Penitenciario reportó un enfrentamiento entre privados de libertad, que dejó un saldo de 24 reos heridos, de ellos, 17 fueron trasladados al Hospital General San Juan de Dios.
El 12 de noviembre del 2015, un hombre fue atacado a balazos en el ingreso a esta prisión, frente a la mirada de los visitantes. Un policía, que se percató del hecho, disparó contra el agresor y también lo mató.
Otro suceso se registró en esa prisión, el 30 de abril del 2016 Se indicó que el hecho se originó por la detención de una mujer que intentaba ingresar un arma de fuego a la cárcel.
Sobreviviente herido
El viernes pasado, el sobreviviente de la operación Pavo Real, Carlos Rodolfo Bendfeldt Porras, sufrió un ataque armado en la 2a. avenida y 5a. calle, zona 1 de Villa Nueva.
Una familiar del exconvicto señaló que el ataque podría estar relacionado con el caso Pavo Real, debido a que desde hace unos seis meses él empezó a recibir llamadas intimidatorias, aunque evitó decir de dónde provendrían.
Bendfeldt Porras salió libre en el 2008, después de haber colaborado con la Comisión Internacional contra la Impunidad en Guatemala en la investigación por la muerte de siete reos en Pavón.
