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Por inconformidad en las resoluciones, la Fiscalía de Delitos Administrativos solicitó el antejuicio contra el juez Villatoro, quien conoció y cerró el caso del asesinato de José Armando Melgar Moreno, padre del comandante de la Guardia de Honor, Érick Melgar Padilla, y del diputado Herbert Melgar Padilla.
Por este caso fueron sindicados el comandante Melgar Padilla y el ex fiscal del MP, Rony López, por el delito de obstrucción a la justicia. Ambos eran sospechosos de haber alterado el expediente para evitar que Melgar Padilla fuera involucrado por el asesinato de su propio padre y crearon una estructura criminal ficticia.
Contra el juez Villatoro se siguió una investigación por negligencia, al enviar a Óscar René Melgar Moreno (hermano de José Armando y sospechoso en el caso) al Preventivo para Hombres de la zona 18 y no a un hospital a pesar que estaba enfermo. El detenido murió mientras era trasladado del penal a un centro asistencial.
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#OJInforma | El vocero del Organismo Judicial, Mario Siekavizza se refiere a los antejuicios conocidos por el Pleno de Magistrados de la #CSJ el 03/07/2019#OJEsTransparencia#Justicia24Horas pic.twitter.com/kFOlVYrvsZ
— Organismo Judicial (@OJGuatemala) 4 de julio de 2019
Villatoro también tuvo a su cargo el caso Plazas Fantasmas donde benefició con una fianza de Q100 mil a los exdiputados Alfredo Rabbé Tejada, Édgar Cristiani Calderón, Carlos Herrera Quezada y al gerente del Congreso, Luis Mijangos Contreras. Esta resolución fue impugnada por el MP.