La menor fue reportada como desaparecida y tenía activa una alerta Alba Keneth para que fuera encontrada. Los medios locales informaron que los familiares señalaron que Miskleidy fue enviada a la tienda el pasado 18 de diciembre, pero nunca regresó a su casa.
Un día después de su desaparición fue encontrado su cuerpo en un camino comunal de terracería que conduce a una finca en el camino barrio La Estación, Santa Lucía Cotzumalguapa, Escuintla. La Policía reportó que, en estado de ebriedad interceptaron a la niña, la trasladaron a ese terreno baldío, abusaron sexualmente de ella y luego la mataron. Además, tenía heridas ocasionadas con un objeto punzocortante en la cabeza y también indicios de que fue asfixiada con un lazo, según informaron las fuerzas de seguridad.
La muerte de Misleidy Hernández generó repudio y rechazo en diversos sectores, incluso el Procurador de los Derechos Humanos, Jordán Rodas, exigió que el Estado debe garantizar la protección hacia las niñas.