Juan Francisco Sandoval Alfaro como fiscal y jefe de la Feci llevó ante la justicia a expresidentes y presidentes. En el 2010, dirigió la captura del exmandatario Alfonso Portillo en Izabal, quien luego fue extraditado hacia Estados Unidos
La Fiscalía Especial junto a la extinta Comisión Internacional contra la Impunidad en Guatemala (CICIG) llevaron ante los tribunales al expresidente, Otto Pérez Molina y la exvicemandataria, Roxana Baldetti, por el caso La Línea, en donde también participaron personas particulares, exjefes y exfuncionarios de las aduanas y de la Superintendencia de Administración Tributaria (SAT).
Este caso abrió camino para que se desarrollan más investigaciones contra los exfuncionarios y exministros como en Cooptación del Estado, La Cooperacha, TCQ, entre otros, así como también gran parte de la estructura del desaparecido Partido Patriota fueron sentados en los banquillos como acusados por los casos de corrupción durante ese gobierno.
En 2017, el hermano, Samuel Everardo y el hijo, José Manuel, del entonces presidente Jimmy Morales fueron señalados de simular dos eventos: la venta de canastas navideñas y un desayuno para evaluar el desempeño de los trabajadores en el Registro de la Propiedad. Ninguno de los dos se realizó.
Además, en 2018, esta Fiscalía junto a la Comisión acusaron al expresidente Álvaro Colom y a 12 integrantes del gabinete de su gobierno de avalar la implementación del sistema prepago para las unidades de Transporte Urbano (Transurbano).
Sistema de justicia
Las investigaciones de corrupción realizadas por la FECI no se limitan solo al Ejecutivo, también salpicaron a altos funcionarios del sistema judicial, por ejemplo, contra la magistrada Blanca Stalling, denunciada por el juez Carlos Giovanni Ruano Pineda en 2017, por presiones para favorecer a su hijo Otto Molina Stalling en el caso Igss.
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Después que se disolvió la CICIG, la Feci continúo sacando casos emblemáticos de corrupción en el sistema de justicia como el de las Comisiones Paralelas, en donde revela los mecanismos de cooptación en las Corte Suprema de Justicia y de Apelaciones. Esta investigación permitió conocer las redes gremiales de abogados manipularon los procesos de selección de los candidatos a magistrados de las cortes por intereses económicos y políticos.
Jefes de la Feci
Antes de que Juan Francisco Sandoval asumiera la jefatura de la FECI, estuvo la abogada Eunice Mendizábal, quien luego fue viceministra de Asuntos Antinarcóticos de Gobernación y posteriormente, titular de la cartera del Interior en el gobierno de Otto Pérez Molina.
Además, también fue jefe el fiscal Rubén Herrera, quien luego ha ocupado otros puestos en el Ministerio Público, por ejemplo, pasó a la Fiscalía de la Niñez y Adolescencia. Otro de los jefes fue el abogado Óscar Schaad, quien luego fue trasladado como jefe de la Fiscalía contra Delitos Electorales, pero en junio de 2019 se conoció que salió del país junto a su familia por amenazas.
