El club no necesitó ninguna promoción para llegar a la máxima categoría. Empezó a jugar en 1945, ganó un torneo de copa y se ganó el derecho.
Bajo la dirección de Alfredo Fero Castellanos, su primer partido oficial en la Liga fue el 9 de febrero de 1947, en el entonces Estadio Escolar, que después se llamó Autonomía y estaba ubicado donde ahora se encuentra el Crédito Hipotecario Nacional.
En esa doble jornada matinal el equipo aurinegro empató a tres goles ante el desaparecido España, que luego se llamaría Comunicaciones.
Mariano Chivo Reynoso fue el encargado de escribir su nombre en la historia del club al convertir los primeros dos goles, además del tercero, anotado por Valentín del Cid.
El 3 de octubre de 1964 se inauguró el Estadio del Ejército, con estructura de hierro. Seis años más tarde, el 2 de abril de 1970 quedó construida la tribuna y la general, llevada a cabo por la empresa nicaragüense Metasa.
Las ocho estrellas
Tuvieron que pasar 19 años para que llegara el primero de ocho títulos. El máximo logro hasta entonces era la copa de la temporada 1958-1959, con el argentino José Rommanello.
Rubén Amorín tomó por cuarta ocasión al equipo en la temporada 1961-1962, y se prolongó hasta 1964. Aurora obtuvo el primer título el 13 de diciembre en el estadio Pensativo, donde los castrenses necesitaban empatar con Universidad y lo vencieron 3-1. Este fue el primer título en la exitosa carrera del charrúa en el balompié nacional.
Con el uruguayo lograrían dos títulos más: en 1966, el 30 de diciembre, que se selló con 4-0 frente a Marquense, y en 1967-1968 en una serie de desempate frente a Municipal.
La cuarta estrella en su escudo llegó con el torneo de Liga 1975 bajo la dirección del argentino Omar Muracco. El 17 de diciembre venció 5-4 a Comunicaciones.
El costarricense Marvin Rodríguez se encargó de guiar al club a su quinto título el 20 de diciembre de 1978, al empatar 1-1 con los cremas.
Amorín regresó al equipo con el palmarés de tres títulos y sumaría otro más en 1984.
Era el turno de uno de los grandes del equipo aurinegro de levantar el séptimo título de campeón y el primero como entrenador, Jorge el Grillo Roldán, en el torneo 1986, con victoria de 3-1 ante Galcasa.
Roldán le daría su último título en 1992-1993, al vencer a Amatitlán 4-1.
Adiós a la mejor época
Después de ser subcampeón de Liga en 1997-1998 y la llegada de los torneos cortos en el futbol nacional, empezó una época difícil para el equipo en lo económico y lo deportivo.
Dejaron de ser protagonistas y en los 12 torneos cortos en los cuales participaron en la Liga Nacional, apenas accedieron a una semifinal en el Clausura 2004 y fueron eliminados por Municipal.
En las siguientes dos justas ocuparon el último y penúltimo lugar de la fase de clasificación, y perdieron la categoría en el Clausura 2005. Su último partido se disputó el 22 de mayo en San Marcos.
En picada
En la temporada 2007-2008 tocó fondo al descender a la Segunda División, donde se mantuvo un año. En 2013-2014 Aurora quedó en el último lugar de la tabla acumulada y perdió la categoría.
Tras varias negociaciones en las cuales intervinieron dirigentes y patrocinadores de ambos conjuntos, el Deportivo La Gomera argumentó problemas para seguir manteniendo el equipo en la Primera y le cedió la ficha. Ante ello, los militares garantizaron seguir en la liga de ascenso, donde se mantienen hasta la fecha.
