Según la página web del Bayern la lesión se produjo el domingo, cuando el jugador estaba en Navarra con autorización del club bávaro.
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El club no ha informado del tiempo de recuperación que necesitará el internacional español.
Desde su llegada a Alemania, para la temporada 2012/2013, Javi Martínez ha tenido mala suerte con las lesiones, la más grave de las cuales fue en la Supercopa alemana de 2014 cuando una rotura de menisco y ligamentos lo llevó a perderse casi toda la temporada.
El jugador navarro había hecho una muy buena temporada con el Bayern formando pareja de centrales a veces con Mats Hummels y a veces con Jerome Boateng.
Para la próxima temporada el Bayern ha fichado un cuarto central que es Niklas Sule, de 22 años, procedente del Hoffenheim y que ya debutó en la selección absoluta alemana.
El Bayern, tampoco contará con los porteros Manuel Neuer y Sven Ulreich, ambos lesionados, para los dos últimos encuentros de la campaña ante Leipzig y Friburgo.