Lewandowski por su parte sufrió una lesión en la mandíbula superior y en el tabique nasal, además de conmoción cerebral, en un encontronazo con el guardameta del Dortmund, Mitchell Langerak.
Para el internacional holandés queda descartado que pueda volver a jugar en lo que queda de temporada.
Se desconocen aún las consecuencias de la lesión para Lewandowski. Según la agencia alemana DPA, el Bayern Múnich confía que pueda jugar con una máscara ortopédica ante el Barcelona.
La situación de Guardiola ante el partido de semifinales de la Liga de Campeones del miércoles contra el Barcelona, en el Camp Nou, es de por sí compleja ya que también están lesionados Javi Martínez y Franck Ribéry.
El Bayern Múnich se proclamó virtualmente campeón de la Bundesliga el pasado fin de semana, pero ayer sufrió una dura derrota en semifinales de la Copa de Alemania, ya que el Dortmund le apeó en una accidentada ronda de penaltis.
Tras quedar 1-1 y seguir así en la prórroga, el Bayern no acertó en ninguno de los cuatro tiros a puerta que lanzó.
Philipp Lahm y Xabi Alonso se resbalaron en los dos primeros y dispararon por encima, mientras que Langerak paró el tercero, que lanzó Mario Götze, y Manuel Neuer estrelló el cuarto contra el poste.
Las imágenes del partido fueron las de un Guardiola gesticulando desesperadamente mientras protestaba por distintas decisiones del árbitro, mientras Jürgen Klopp, quien a final de temporada deja el Dortmund, tuvo un triunfo inesperado.