Los seis equipos representantes de Bolivia, Ecuador, Paraguay, Perú, Uruguay y Venezuela comenzarán la Copa disputando tres llaves de dos equipos cada una a ser definidas por sorteo el 21 de diciembre con partidos de ida y vuelta marcados para el 23 y 27 de enero.
Los tres equipos ganadores de la Fase 1 pasarán a disputar la Fase 2 de la Copa que comenzará el 31 de enero.
Ellos se sumarán a los 13 ya anteriormente clasificados, totalizando 16 equipos: tres ganadores de la Fase 1; dos equipos de Brasil; dos de Chile; dos de Colombia y uno de cada país restante de la Conmebol.
De la Fase 2 clasificarán ocho equipos que disputarán entre sí los cuatro cupos restantes para la Fase de Grupos.
De los cuatro equipos eliminados, los dos de mejor performance clasificarán a la Fase 2 de la Copa Sudamericana.
Panorama de la clasificación
- Por derecho de campeones: Atlético Nacional de Colombia, campeón Copa Libertadores 2016 (fase de grupos).
- Chapecoense de Brasil, campeón Copa Sudamericana 2016 (fase de grupos).
Argentina:
1-Lanús (fase de grupos)
2- San Lorenzo (fase de grupos)
3- Estudiantes (fase de grupos)
4- Godoy Cruz (fase de grupos)
5- River Plate (fase de grupos)
6- Atlético Tucumán (segunda fase)
Brasil:
1-Palmeiras (fase de grupos)
2- Gremio (fase de grupos)
3- Santos (fase de grupos)
4- Flamengo (fase de grupos)
5- Atlético Mineiro (fase de grupos)
6- Botafogo (segunda fase)
7- Atlético Paranaense (segunda fase)
Bolivia:
1- Sport Boys (fase de grupos)
2- Jorge Wilstermann (fase de grupos)
3- The Strongest (segunda fase)
4- Universitario de Sucre (primera fase)
Chile:
1- Universidad Católica (fase de grupos)
2- Iquique (fase de grupos)
3- Colo Colo (segunda fase)
4- Unión Española (segunda fase)
Colombia:
1- Independiente Medellín (fase de grupos)
2- Independiente Santa Fe (fase de grupos)
3- Millonarios (segunda fase)
4- Junior (segunda fase)
Ecuador:
1- Barcelona (fase de grupos)
2-Emelec (fase de grupos)
3- El Nacional (segunda fase)
4- Independiente del Valle (primera fase)
Perú:
1- Sporting Cristal (fase de grupos)
2- Melgar (fase de grupos)
3- Universitario (segunda fase)
4- Deportivo Municipal (primera fase)
Paraguay:
1- Libertad (fase de grupos)
2- Guaraní (fase de grupos)
3- Olimpia (segunda fase)
4- Deportivo Capiatá (primera fase)
Uruguay:
1- Peñarol (fase de grupos)
2- Nacional (fase de grupos)
3- Cerro (segunda fase)
4- Wanderers (primera fase)
Venezuela:
1- Zamora (fase de grupos)
2- Zulia (fase de grupos)
3- Carabobo (segunda fase)
4- Deportivo Táchira (primera fase)
