El astro argentino podría haber sumado un triplete pero falló un penal (76) lanzando el balón por encima del larguero. Es la segunda pena máxima que falla Messi después de que errase otro en San Mamés en la primera jornada de liga.
Víctor Casadesús marcó el gol del honor para los levantinos (66).
El partido, como estaba previsto, fue de dominio absoluto del equipo azulgrana, que acaparó un 70% de la posesión del balón, pero eso no se tradujo en goles en la primera parte, en la que Messi tuvo cuatro claras ocasiones de gol y el canterano Sandro otra más.
En el segundo tiempo, los locales se mostraron mucho más acertados. Bartra, en una incorporación al ataque, controló un balón con el pecho dentro del área y remató a gol sin dejar que la pelota tocase el suelo, abriendo el cerrojo levantino.
Neymar logró el segundo con un difícil remate que tuvo que salvar a dos defensa y al arquero rival y Messi certificó un claro triunfo con otros dos goles más.
Con esta victoria el Barcelona totaliza 12 puntos, por los 10 del Real Madrid, Villarreal y Celta, precisamente el próximo rival de los catalanes, el miércoles a las 18h00 GMT en Riazor.
Debido a las numerosas bajas y pensando en próximos compromisos, el técnico del Barcelona Luis Enrique reservó a varios de sus jugadores clave en las últimas semanas, como Andrés Iniesta, el uruguayo Luis Suárez o el canterano Sergi Roberto, que volvió al banquillo después de que Dani Alves se recuperase de una lesión.
El Villarreal derrotó al Athletic (3-1) gracias a la actuación del delantero brasileño Leo Baptistao.
El atacante saltó al campo al cuarto de hora de partido por la lesión del congoleño Cédric Bakambu y provocó el penal transformado por Bruno Soriano para abrir el marcador (43).
Leo Baptistao anotó de tiro cruzado el tercer gol con el que el Submarino Amarillo sentenció el duelo (80), minutos después de que Mario marcase un golazo por la escuadra (67).
El goleador del Athletic Aritz Aduritz anotó para los visitantes, pero ya en el descuento y sin tiempo para reaccionar (90+3).
De visita al Celta el miércoles
Antes, el Celta, entrenado por el argentino Eduardo Berizzo, firmó una primera parte formidable y se fue al descanso con dos goles de ventaja tras los tantos anotados por el internacional español Nolito (15) y por el danés Daniel Wass (26).
Por su parte, los sevillistas, que no conocen la victoria en Liga, reaccionaron en la segunda parte con la entrada del delantero Fernando Llorente, que recortó distancias en el minuto 54.