El Juzgado Segundo de Ejecución Penal, también con sede en la cabecera departamental, tendrá a su cargo los casos de Guatemala, El Progreso, Chiquimula, Izabal, Zacapa, Baja Verapaz, Alta Verapaz, Jalapa, Jutiapa y Petén.
Mientras que el Juzgado Tercero de Ejecución Penal ubicado en Quetzaltenago tendrá a su cargo los casos de este departamento, Sololá, Quiché, San Marcos, Huehuetenango, Suchitepéquez, Totonicapán y Retalhuleu.
Asimismo se acuerda que, cuando proceda, los jueces del primer y segundo juzgado deberán remitir los expedientes que no estén en trámite de ejecución o extinción de pena al tercer juzgado de este ramo, para concluir el proceso.